第一：肛瘘外口反复流出少量脓性，血性，黏液性分泌物为主要症状。较大的高位肛瘘，因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，常有粪便及气体排出。由于分泌物的刺激，使肛门部潮湿、瘙痒，而且很容易形成湿疹。
第二：当外口愈合，瘘管中有脓肿形成时，可感到明显疼痛，同时可伴有发热，寒战，乏力等全身感染症状，脓肿穿破或切开引流后，症状缓解。上述症状的反复发作是瘘管的临床特点。症状还是很明显的。
第三：检查时在肛周皮肤上可见到单个或多个外口，呈红色乳头状隆起，挤压时有脓液或脓血性分泌物排出。外口的数目及与肛门的位置关系对诊断肛瘘很有帮助：外口数目越多，距离肛缘越远，症状就是很复杂的。
