皮蛋是可以直接食，不需要煮熟的。如果生吃皮蛋，最好切成块状，拌醋、酱油，醋酸能中和部分碱，皮蛋的口感也会好一些。
闻到皮蛋到有很刺鼻的味道，很可能是氨含量太多，这个时候建议将皮蛋煮熟再食用，因为皮蛋制作时都会加入石灰和纯碱，在碱性溶液中，蛋白质会呈现凝胶特性，蛋白质在分解的过程中会产生氨。纯碱放得太多，氨就会多。
氨会对口腔黏膜和胃黏膜形成很强的刺激，以往甚至有患者被烫伤胃的情况，但一般不多见。如果在吃皮蛋的时候太急，比如整个吃，就很容易受伤。而熟食会分解氨，因此如果是最求更好的口感建议先将皮蛋煮熟后再食用。皮蛋不宜多吃，因为皮蛋是透过混合纯碱、石灰、盐和氧化铅，将鸭蛋包裹而腌制的，当中含有铅，所以食用的时候一定要注意。
